Snahy o vytvorenie reprepzentatívnej celonárodnej vrcholnej vedecko-umeleckej inštitúcie boli staršieho dáta a zintenzívnilo sa pôsobením niektorých predstaviteľov Slovenskej učenej spoločnosti. Najväčšie úsilie v tomto smere vyvinul generálny tajomník Slovenskej učenej spoločnosti prof. Ľudovít Novák. Najmä jeho pričinením podarilo sa vypracovať návrh zákona, ktorým potom Snem 2.VII.1942 (č. 135) zriadil Slovenskú akadémiu vied a umení. Mimoriadne závažnou časťou zákona je ustanovanie, že Akadémia má mať stálych zamestnancov, teda je pracoviskom, nie združením alebo spoločnosťou. Z moci zákona sa stala SAVU najvyššou kultúrnou ustanovizňou s poslaním všestranne zveľaďovať rozvoj vied a umení, dobudovať a sústreďovať organizáciu vedeckej práce a umeleckej tvorby na Slovensku. Pri rokovaní Snemu o zákone sa zdôrazňovalo, že národná akadémia vied a umení bude pracovať tak, ako národné akadémie iných slovanských národov, napr. českého, chorvátskeho, slovinského ai. Na konkrétnu realizáciu tohoto poslania kultúrny a rozpočtový výbor Slovenského snemu pridelil SAVU zo štátnych prostriedkov 2,2 mil. Kčs, ostatok nákladov si mala akadémia hradiť z vlastných prostriedkov (od mecenášov). Ukázalo sa, že toto finančné zabezpečenie nebolo dostačujúce. Aj s vlastnou realizáciou zákona boli spojené značné ťažkosti. Súviseli so vzťahmi kultúrnych inštitúcií pôsobiacich na Slovensku, ktorých predstavitelia mali byť zastúpení v novom Predsedníctve SAVU. Prvé predsedníctvo SAVU, ktoré vymenoval 10.XI.1943 prezident republiky bolo sedemčlenné a tvorili ho predseda prof. dr. F. Valentín, podpredseda prof. dr. A. Spesz a prof. dr. J. Bakoš, generálny tajomník prof. dr. Ľ. Novák, predseda duchovedného odboru dr. F. Hrušovský, predseda prírodovedného odboru prof. dr. E. Filo a predseda umeleckého odboru doc. dr. F. Šubík (Andrej Žarnov). Tomuto menovaniu predchádzali zasadnutia, na ktorých sa rokovalo o počte nových členov SAVU, o ich vekovej hranici i o tom, kto z vedeckých pracovníkov prichádza do úvahy pre voľbu za člena Akadémie. Na zasadnutí predsedníctva SAVU v novembri 1943 bol oficiálne schválený návrh na zriadenie vedeckých ústavov, čim sa legalizovala existencia už predtým jestvujúcich ústavov, v ktorých pracovali vedeckí a administratívni pracovníci už od apríla 1943. Vedecké pozície SAVU sa oslabili tým, že sa jej nepodarilo zahrnúť do svojej pôsobnosti dovtedy jestvujúce vedecké ústavy ako Štátny geologický ústav, Štátne observatórium, Štátny archeologický ústav, Štátny ústav pre ľudovú pieseň a pod. Po obnovení ČSR Povereníctvo školstva a národnej osvety rešpektovalo existenciu SAVU a zabezpečovalo jej finančné dotovanie. Za správcu bol menovaný dr. M. Bakoš a jej činnosť a poslanie zákonne obnovilo v nových štátoprávnych podmienkach nariadenie SNR č. 22/1946 z 8.II.1946. Po odhlasovaní tohoto nariadenia usilovala sa SAVU o vymenovanie nových členov. Opierala sa o pôsobenie Umeleckej a vedeckej rady, ako poradného a koordinačného orgánu slovenských umelcov a vedcov založeného v r. 1945 v Banskej Bystrici. Tieto snahy sa však do februára 1948 nerealizovali a po februárovom období sa začalo s prípravami reorganizácie vedeckého života v celoštátnom meradle.
Podľa ustanovení zákona č. 132/42 SAVU viedlo Predsedníctvo, ktoré bolo volené na Valnom zhromaždení. Prvé predsedníctvo menoval prezident republiky. Valné zhromaždenie malo právo vydávať všeobecné smernice pre vedeckú a umeleckú činnosť a volilo členov predsedníctva. Predsedníctvo vypracovalo organizačný štatút, vydávalo smernice a pokyny pre praktickú činnosť Akadémie, menovalo členov, zostavovalo rozpočet, prijímalo a prepúšťalo zamestnancov. Výkonným orgánom predsedníctva bol sekretariát rozdelený na prezídium s tlačovým, výmenným a redakčným oddelením a tri odbory (pre vedecké ústavy, administratívu a hospodárske veci). Vedecké pole pôsobnosti SAVU bolo rozdelené do troch vedeckých tried rozdelených na sekcie.
I. trieda duchovnovedná – sekcie: 1. teologicko-filozofická, 2. vlastivedná, 3. právnická.
II. trieda prírodovedná – sekcie: 1. matematicko-prírodovedná, 2. technická, 3. lekárska.
III. trieda umelecká – sekcie: 1. literárna, 2. hudobno-dramatická, 3. výtvarná.
Pri svojom vzniku mala SAVU iba 5 vedeckých ústavov s 38 stálymi zamestnancami (14 s vysokoškolským vzdelaním). Boli to Jazykovedný ústav, Literárnovedný ústav, Historický ústav, Zemepisný ústav a Hudobnovedný ústav.
Nariadenie SNR č. 22/46 z 8.II.1946 ponecháva v platnosti zhruba pôvodnú organizačnú štruktúru SAVU. Riadiacimi orgánmi zostali i naďalej predsedníctvo a celoakademické zhromaždenie. Od decembra 1948 vystriedal predsedníctvo správny zbor, ktorý z pôvodných 5 členov bol postupne rozširovaný až na 12. Posledný správny zbor ustanovený 4.III.1952 na čele s prof. Ing. J. Gondom mal za úlohu pripraviť reorganizáciu SAVU a vznik SAV. V organizácii vedeckého poľa pôsobnosti sa odrazili politické zmeny v štáte:
I. trieda kultúrnovedná – sekcie: 1. filozofická, 2. historicko-jazykovedná, 3. sociologicko-právnická.
II. trieda prírodovedná – sekcie: 1. matematicko-fyzikálna, 2. prírodovedná, 3. lekárska, 4. technická.
III. trieda umelecká – sekcie: 1. literárna, 2. hudobná, 3. divadelno-filmová, 4. výtvarná.
Od jesene 1948 pribudla do prírodovednej triedy poľnohospodárska sekcia, v kultúrnovednej triede sa osamostatnili historická a jazykovedná sekcia a v umeleckej triede sa osamostatnili divadelná a filmová sekcia. Počas 10-ročného jestvovania mala SAVU okrem už spomenutých 5 vedeckých pracovísk ešte Filozofický ústav, kratší čas existovali Ústav pre sociálny výskum, Psychologický ústav, Slovanský ústav, Národopisný ústav, Ústav pre vedy právne a hospodárske a Biologický ústav. SAVU mala vlastnú knižnicu a po r. 1945 i Vydavateľstvo v Prievidzi a kníhkupectvo v Bratislave.
Rast významu a vplyvu SAVU na rozvoj vedeckovýskumnej základne na Slovensku dokumentuje tiež i počet pracovníkov. Začínala s 38 štátnymi zamestnancami a koncom r. 1952 pred jej zrušením mala už 136 zamestnancov.
Z celého obdobia pôsobenia SAVU sa zachoval pomerne bohatý a takmer kompletný administratívny a účtovný písomný materiál. Pôvodne boli administratívne písomnosti ukladané v troch manipulačných systémoch. V období r. 1943–1949 vo vecných skupinách, v r. 1950 numericky a v r. 1951–1953 v podrobnejších vecných skupinách ako v prvom období. Pri spracovávaní písomností sa manipulačné systémy zjednotili tak, že všetky zachované písomnosti boli zmanipulované podľa heslára posledného pôvodného manipulačného obdobia.
K fondu je vypracovaný inventár. Zachovalo sa 31 kníh a 55 krabíc.
Písomnosti SAVU umožňujú spoznať jej 10-ročnú pracovnú náplň i dosiahnuté výsledky. Odrážajú jej význam v organizácii vedeckého výskumu na Slovensku i jej styky s vedeckými inštitúciami v zahraničí. Je v nich dokumentovaná organizácia zjazdov a konferencií, rozvrh nákladov na jednotlivé vedecko-výskumné akcie i jej vydavateľská činnosť.
Kontinuitu prechodu SAVU do SAV pozri aj vo fonde Riadiace orgány SAV (I.), sig. II C 30: Rozpočet–čerpanie, roč. 1953.
