Začiatky rozvoja vednej disciplíny vedecký ateizmus a jej inštitucionálneho zastrešenia na Slovensku spadajú do začiatku 60. rokov, kedy bolo v zmlysle uznesenia ÚV KSČ „O niektorých naliehavých otázkach rozvíjania vedeckoateistickej výchovy“ z r. 1959 zriadené vo Filozofickom ústave SAV Oddelenie vedeckého ateizmu (1.IX.1960). Možnosť na trvalejší rozvoj tu však nedostalo. Vedenie Filozofického ústavu argumentovalo tým, že Oddelenie je v ústave cudzím telesom odčerpávajúci pracovný priestor tradičným filozofickým disciplínam, že Filozofickému ústavu neprislúcha orientovať sa na problematiku vedeckého ateizmu v spojení s výskumom otázok cirkevnej politiky a napokon začala sa spochybňovať potreba osobitného vedecko-ateistického výskumu vôbec. V dôsledku toho sa Oddelenie začalo od r. 1963 pozvoľna rozpadávať a v r. 1967 úplne zaniklo.
Po potlačení obrodného procesu v r. 1968/69 a v súvislosti s normalizáciou v 70. rokoch dostal vedecký ateizmus zelenú. Na základe uznesenia Predsedníctva ÚV KSS z decembra 1970 rozhodlo Predsedníctvo SAV 21.XII.1970 o zriadení Kabinetu vedeckého ateizmu, ktorý 15.III.1971 premenovalo na Ústav vedeckého ateizmu SAV. Fakticky zriadený bol až 1.IV.1971 preradením 6 pracovníkov bývalého Oddelenia vedeckého ateizmu pri Filozofickom ústave SAV na toto pracovisko. Ústav vedeckého ateizmu bol začlenený do Kolégia filozofie a sociológie SAV.
V prvom období vo výskumnej práci doznievala predchádzajúca orientácia jednotlivých vedeckých pracovníkov. Neskôr sa pristúpilo k spracovávaniu obsiahlejších štúdií, resp. monografií zameraných na skúmanie miesta a funkcie náboženstva v novšej histórii Slovenska. Náplňou činnosti ústavu bolo aj spracovanie protiklerikálnych a ateistických tradícií na Slovensku, či štúdiom existencie a prekonávania náboženstva v socialistickej spoločnosti s osobitným zreteľom na Slovensko. Ústav pripravoval preklad a domestifikáciu sovietskeho vedecko-ateistického slovníka a vysokoškolskej učebnice vedeckého ateizmu. V 80. rokoch sa Ústav vedeckého ateizmu podieľal na riešení štátneho programu základného výskumu čiastkovými úlohami dotýkajúcimi sa najmä výskumu sociologických aspektov sekularizácie na Slovensku a kritiky náboženskej ideológie a sociálno-politických doktrín cirkvi. Skúmal aj vybrané filozofické, psychologické a sociálno-politické otázky rozvoja ateistického vedomia v podmienkach rozvinutého socializmu na Slovensku.
Vzhľadom na nízky počet pracovníkov pôsobili v počiatočnom období v Ústave vedeckého ateizmu len dve vedeckovýskumné oddelenia a to: Oddelenie teórie a dejín ateizmu a náboženstva a Oddelenie sociológie náboženstva a cirkevnej politiky. Postupný personálny rozvoj ústavu a následné rozšírenie tém výskumu sa odrazilo aj v reorganizácii oddelení. V 80. rokoch pracovali v Ústave už 4 oddelenia: Oddelenie teórie ateizmu a náboženstva; Oddelenie histórie ateizmu a náboženstva; Oddelenie sociológie a psychológie ateizmu a náboženstva a Oddelenie teórie cirkevnej politiky a kritiky politického klerikalizmu.
Ústav vedeckého ateizmu sa v 2. polovici 80. rokov aktívne pripojil k všeobecne rozšírenému trendu vydávania vedeckých odborových encyklopédií. Na základe rozhodnutia Predsedníctva SAV z r. 1986 pripravil projekt a zabezpečoval realizáciu Encyklopédie vedeckého ateizmu Slovenska. Koordináciu prác na encyklopédii vykonávala Redakcia Encyklopédie, ktorá sa stala organizačnou súčasťou Ústavu vedeckého ateizmu. Encyklopédia určená širokej verejnosti a ako pomôcka v pedagogickom procese na školách napokon v dôsledku celospoločenských zmien v r. 1989 a násleného zániku ústavu nevyšla.
Výsledky svojej vedeckovýskumnej činnosti sprístupňoval ústav okrem vydávania rôznych monografií a zborníkov aj publikovaním odborných štúdií pracovníkov v ústavnom časopise Ateizmus, ktorý vychádzal raz za dva mesiace od konca r. 1972.
Pri plnení výskumných úloh spolupracoval ústav s viacerými inštitúciami, najmä s fakultami vysokých škôl. Úzke vzťahy udržiaval s Ministerstvom kultúry SSR prostredníctvom Sekretariátu pre veci cirkevné, s Ústavom marxizmu-leninizmu ÚV KSS či so Socialistickou akadémiou. Styky prebiehali formou výmeny informácií, účasťou na spoločných vedeckých podujatiach a pod... Zahraničná spolupráca bola založená na dohodách o dvojstrannej spolupráci najmä s Ústavmi pre výskum ateizmu, filozofie a etnológie Akadémií vied socialistických krajín.
Ústav vedeckého ateizmu si vychovával vlastných vedeckých pracovníkov od r. 1976, kedy mu bol priznaný charakter školiaceho pracoviska pre vedný odbor Filozofické vedy, dialektický a historický materializmus, úsek: Vedecký ateizmus.
Dôležitou súčasťou činnosti ústavu bolo jeho angažovanie sa v propagandistickej práci. Pracovníci pripravovali desiatky prednášok, školení, recenzií, vyjadrení a posudkov o publikáciách. Výsledky ich práce slúžili ako podklady pre stranícke, pedagogické, kultúrno-osvetové a spoločenské orgány a organizácie.
Pre svoje zameranie bol ústav pod neustálym tlakom straníckych orgánov. Pri riešení výskumných úloh sa v ústave uplatňoval princíp komunistickej straníckosti a marxistickej ideológie. Od Ústavu vedeckého ateizmu sa žiadali výstupy bezprostredne súvisiace s politickými cieľmi komunistickej strany. Výskum však hľadal určité možnosti úniku spod takého tlaku, napr. v živej praxi sociologickým prieskumom prejavov religiozity na Slovensku. Zmena spoločenskej situácie v r. 1989 priniesla potrebu nových prístupov k skúmaniu náboženstva a ústav v r. 1990 zanikol.
Písomný materiál Ústavu vedeckého ateizmu pochádzajúci z rokov 1971–1990 bol do Ústredného archívu SAV odovzdaný po zrušení pracoviska v r. 1990. Je usporiadaný tematicky. Fond obsahuje 13 kusov podacích protokolov a písomnosti uložené do 13 vecných skupín a v rámci nich do menších celkov – podskupín. Inventárnu jednotku tvorí prevažne jednotlivý rok príslušnej vecnej skupiny okrem niekoľkých nižšie uvedených výnimiek.
I. Vedecké kolégium pre vedy o spoločnosti (po reorganizácii v r. 1981 Vedecké kolégium pre filozofiu, pedagogiku, psychológiu a vedy o štáte a práve) obsahuje zápisnice a materiály zo zasadaní vedeckého kolégia.
II. Vedenie ústavu. Súčasťou skupiny sú materiály osvetľujúce organizácie a štruktúru pracoviska, najmä zo zasadaní Ústavnej rady, vedenia, oddelení a z porád riaditeľov spoločenskovedných pracovísk SAV. Ďalej sú tu materiály z činnosti atestačnej komisie, návrhy vedenia na udelenie cien a vyznamenaní, menovania vedúcich pracovníkov a správy o kontrolnej činnosti v ústave.
III. Vedeckovýskumná činnosť je rozdelená na 3 podskupiny. Prvá obsahuje plány činnosti celého ústavu i jednotlivých oddelení, akčné plány, vstupné projekty úloh štátneho plánu základného výskumu a ich oponentúry. Súčasťou druhej časti sú analýzy činnosti pracoviska, správy o činnosti oddelení, anotácie dosiahnutých výsledkov, informácie o rozvoji vednej disciplíny – vedecký ateizmus na Slovensku a materiály o realizácii úloh štátneho plánu základného výskumu.
IV. Vedecké podujatia zachytávajú materiály z organizovania konferencií a sympózií. Sú tu programy, zoznamy účastníkov, záznamy z porád prípravných výborov, záverečné správy a hodnotenia priebehu akcií, prípadné referáty.
V. Spolupráca s domácimi inštitúciami je prezentovaná dvojstrannými dohodami o spolupráci najmä s pracoviskami vysokých škôl a inými kultúrnymi organizáciami.
VI. Zahraničné styky. Tvoria ich plány a správy o zahraničných stykoch ústavu, dohody o spolupráci, záznamy o pobytoch zahraničných hostí.
VII. Personálne materiály. Vecná skupina je rozdelená na dve podskupiny. Prvá zahŕňa všeobecnú personálnu agendu, najmä plány a rozbory kádrového, personálneho a sociálneho rozvoja, plány práce a správy o priebehu komplexného pracovnopolitického hodnotenia. Druhú časť tvorí jedna inventárna jednotka – abecedne usporiadané osobné spisy zamestnancov ústavu.
VIII. Prvá časť vecnej skupiny Vedecká výchova pozostáva z plánov a výkazov o výchove vedeckých pracovníkov a ich štruktúre, prehľadov ašpirantov a ich školiteľov a informácií o zriadení a zložení Komisie pre obhajoby kandidátskych dizertačných prác v odbore vedecký ateizmus. V druhej časti sú pod jedným inventárnym číslom abecne zoradené osobné spisy vychovávaných.
IX. Hospodárske materiály. V skupine dominujú návrhy rozpočtu a výkazy o jeho čerpaní za jednotlivé časové úseky, rozpisy nákladov na výskumné úlohy, dokumentácia o kontrolách hospodárenia, inventarizácie a informácie o priestorovom vybavení pracoviska.
X. Edičná činnosť. Zlomkovitý materiál sa skladá z prehľadov publikačnej činnosti a návrhov na vydanie zborníkov a publikácií pracovníkov ústavu.
XI. Spoločenské organizácie. Skupinu tvoria správy o rozvoji pracovnej iniciatívy a socialistického súťaženia, o školeniach požiarnej ochrany a bezpečnosti pri práci. Súčasťou je aj dokumentácia o záväzkovej činnosti pracovníkov, kolektívne zmluvy a tézy referátov z filozoficko-metodologických seminárov.
XII. Redakcia časopisu Ateizmus. Obsahom sú informácie, správy a hodnotenia časopisu, zápisnice z rokovaní redakčnej rady a menovania jej členov, v neposlednom rade sú tu uložené rukopisy príspevkov.
XIII. Redakcia Encyklopédie vedeckého ateizmu Slovenska. Skupina je rozčlenená na 6 podskupín a každá tvorí jednu inventárnu jednotku. Ide o dokumentáciu osvetľujúcu prípravu a realizáciu prác na Encyklopédii. Prvá podskupina obsahuje organizačné materiály, plány a hodnotenia prác na encyklopédii, pracovné hodnotenia pracovníkov Redakcie. Ďalšie časti tvoria abecedne usporiadaní autori hesiel, samotné heslá a oponenti hesiel. Posledné dve podskupiny zahŕňajú autorské odmeny za heslá a dohody o vykonaní práce s oponentami a recenzentmi hesiel.
Fond Ústav vedeckého ateizmu SAV obsahuje 199 inventárnych jednotiek a je uložený v 65 archívnych krabiciach.
