Pedagogickému výskumu sa venovala pozornosť už v SAVU, kde bol 7.XI.1945 vytvorený Pedagogický ústav. Od 1.III.1947 ho pričlenili k Pedagogickej fakulte Slovenskej univerzity. Po vzniku SAV menovalo Predsedníctvo SAV v r. 1954 Pedagogickú komisiu s cieľom organizačne pripraviť utvorenie Pedagogického kabinetu. Kabinet pôsobil v SAV v rokoch 1955–1958. Uznesením vlády č. 751 zo dňa 20.VIII.1958 bolo schválené jeho vyčlenenie zo SAV do Výskumného ústavu pedagogického pri Filozofickej fakulte Univerzity Komenského. Začiatkom 70. rokov dochádza k úsiliu o opätovné začlenenie pedagogického výskumu do SAV. Akceptoval sa názor, že rozvíjať vedeckovýskumné zámery na fakulte, ktorá plní v prvom rade výchovno-vzdelávacie úlohy, nie je v dostatočnej miere možné. So súhlasom Filozofickej fakulty Univerzity Komenského schválilo Predsedníctvo SAV na zasadnutí dňa 18.XII.1972 prevzatie Pedagogického ústavu do SAV s účinnosťou od 1.I.1973. Uznesením č. 541/2 zo dňa 14.III.1973 ho premenovalo na Ústav experimentálnej pedagogiky SAV.
V čase začleňovania pracoviska do SAV pracovali v ústave 3 vedecko-výskumné oddelenia: Oddelene pedagogické, Oddelenie vývinovej a pedagogickej psychológie a Oddelenie dejín pedagogiky a školy na Slovensku. Pre malý počet pracovníkov (k 31.XII.1973 ich bolo 11) a obsahové zmeny vo výskume sa oddelenia zreorganizovali. Od polovice 70. rokov sa Ústav experimentálnej pedagogiky organizačnej členil na Oddelenie teórie vyučovania a Oddelenie teórie výchovy.
Ústav experimentálnej pedagogiky SAV prebral koordináciu Štátneho programu základného výskumu v odbore pedagogika na Slovensku. Predmetom činnosti bol výskum teorerických, metodologických a empirických problémov v oblasti výchovy a vzdelávania. V rámci výskumu teórie vyučovania riešil ústav úlohy zamerané na akceleráciu vývinu detí, diferenciáciu vyučovania, zefektívňovanie rečových zručností žiakov v materinskom jazyku a problémy technických schopností a záujmov žiakov základných škôl. Podstatnú súčasť tvoril empirický a experimentálny výskum modernizácie vyučovania matematiky a jazykov. Výsledky prispeli k spracovaniu modernejšej štruktúry obsahu vyučovania týchto predmetov najmä na základných školách a k efektívnejšiemu zameraniu vyučovacích metód.
V oblasti teórie výchovy skúmal ústav vzťah pracovnej výchovy, polytechnického vzdelávania a profesionálnej orientácie žiakov, teoretické problémy sociálnej pedagogiky, problematiku záujmovej činnosti detí ako súčasť formovania osobnosti, či výchovu k ochrane životného prostredia.
V 80. rokoch prešiel ústav aj na výskum tradičnej a netradičnej pedagogickej komunikácie na základných a stredných školách. Prebiehal formou pozorovania vyučovacích hodín a ich následného opisu, analýzy a hodnotenia z viacerých hľadísk s cieľom prispieť k zlepšeniu komunikácie medzi učiteľom a žiakom v súčasnej škole.
Pri plnení vedecko-výskumných úloh spolupracoval ústav s viacerými inštitúciami. Spolu s Filozofickou fakultou Univerzity Komenského sa podieľal na tvorbe Odborovej pedagogickej encyklopédie Slovenska a na príprave Malej encyklopédie detského a mládežníckeho hnutia. Vzájomná spolupráca vyvrcholila v r. 1988 podpísaním dohody o zriadení združenia „Pedagogické vedy“.
Študenti Matematicko-fyzikálnej fakulty Univerzity Komenského pomáhali ústavu realizovať dlhodobý experiment s matematicko-programátorskými záujmovými krúžkami.
Veľká pozornosť sa venovala spolupráci s Ministerstvom školstva SSR, v rámci ktorej participoval ústav na teoretickom rozpracovávaní Projektu ďalšieho rozvoja výchovno-vzdelávacej sústavy. Pracovníci Ústavu experimentálnej pedagogiky boli členmi celoštátnych komisií pre tvorbu nových učebných osnov z jazyka anglického a matematiky pri Ministerstve školstva SSR.
Úzke vzťahy udržiaval ústav s reroztným Výskumným ústavom pedagogickým, s Pedagogickým ústavom mesta Bratislavy, s Kabinetom pre modernizáciu vyučovania matematiky Matematického ústavu ČSAV, s Pedagogickým ústavom J. A. Komenského v Prahe, so Slovenským pedagogickým nakladateľstvom pri tvorbe nových učebníc a v neposlednom rade s experimentálnymi školami, kde realizovali svoj výskum.
Zahraničné styky ústavu sa orientovali najmä na Výskumný ústav pracovného vyučovania a profesionálnej orientácie Akadémie pedagogických vied ZSSR.
Výsledky výskumnej činnosti sprístupňoval ústav vydávaním monografií a publikovaní odborných štúdií v zborníkoch a časopisoch. Zúčastňoval sa na tvorbe metodických príručiek a vysokoškolských učebníc, vypracovával posudky a expertízy pre vládne orgány. Vo vedecko-popularizačnej oblasti pripravovali pracovníci desiatky prednášok v rámci preškoľovania učiteľov základných škôl. Boli členmi redakčných rád časopisov Pedagogika, Jednotná škola, Pedagogický výskum či Rodina a škola.
Ústav experimentálnej pedagogiky SAV si vychovával vlastných vedeckých pracovníkov, od r. 1973 bol školiacim pracoviskom pre vedný odbor 75-01-9: pedagogika.
V nadväznosti na spoločenské zmeny v rokoch 1989/90 došlo aj k transformácii Ústavu experimentálnej pedagogiky. Od r. 1990 sa ústav preorientoval na riešenie aktuálnych teoreticko-praktických problémov školstva. Zameral sa na základný výskum v oblasti výchovy a vzdelávania v duchu humanistických hodnôt, demokratizácie výchovy a tvorby nového výchovno-vzdelávacieho prostredia. Riešil grantové projekty týkajúce sa práv dieťaťa v rodine a škole.
Nová spoločenská situácia priniesla oživenie zahraničnej spolupráce. Ústav rozbehol výskumné projekty s firmou Lego v Dánsku, univerzitami vo Vermonte, v Indianopolise v USA či s Ministerstvom školstva Malty. Stal sa sídlom Slovenskej asociácie pre rozvoj čítania, ktorá bola súčasťou medzinárodnej organizácie International Reading Association.
Zmeny sa dotkli aj organizačnej štruktúry ústavu. Namiesto zrušených oddelení začali pracovať výskumné tímy. 19.III.1990 vznikla v ústave Vedecká rada, ktorá koncipovala vedecký program a uskutočňovala výber výskumných projektov.
Po r. 1990 sa ozvali hlasy upozorňujúce na duplicity výskumu v Ústave experimentálnej pedagogiky SAV a rezortných výskumných ústavoch. K zániku ústavu prispela aj akreditácia vedeckých pracovísk v r. 1992. Akreditačná komisia SAV rozhodla o jeho klasifikácii do kategórie „D“, teda neakreditovala ho pre ďalšiu vedecko-výskumnú činnosť. Predsedníctvo SAV uznesením č. 307 (zasadnutie č. 16 dňa 26.V.1993) rozhodlo o zrušení Ústavu experimentálnej pedagogiky a jeho delimitácii na Univerzitu Komenského v Bratislave.
Písomný materiál Ústavu experimentálnej pedagogiky SAV z rokov 1972–1993 bol do Ústredného archívu SAV odovzdaný po zrušení pracoviska v r. 1993. Je usporiadaný tematicky. Fond obsahuje 1 podací protokol a písomnosti uložené do 6 vecných skupín a v rámci nich do menších celkov – podskupín. Inventárnu jednotku tvorí prevažne jednotlivý rok príslušnej vecnej skupiny okrem niekoľkých nižšie uvedených výnimiek.
I. Vedenie ústavu. V skupine sú materiály osvetľujúce organizáciu a štruktúru pracoviska, zápisnice zo zasadaní Ústavnej a Vedeckej rady a porád vedenia. Podstatnú časť tvoria materiály z činnosti Atestačnej komisie a návrhy vedenia na udelenie cien a vyznamenaní. Súčasťou sú aj informácie o akreditácii pracoviska; uložená je tu pamätná kniha ústavu.
II. Vedecko-výskumná činnosť je rozdelená na tri podskupiny. Prvá obsahuje akčné plány ústavu a projekty výskumných úloh. Náplňou druhej časti sú výročné hodnotenia činnosti pracoviska, anotácie dosiahnutých výsledkov a materiály o riešení úloh Štátneho programu základného výskumu a grantových projektov. Posledná podskupina „Dokumentácia“ obsahuje podkladové materiály k vedecko-výskumnej činnosti. Ide o magnetofónové pásky s nahrávkami vyučovacích hodín a prepisy týchto nahrávok. Tvoria 1 inventárnu jednotku.
III. Spolupráca je prezentovaná dvojstrannými dohodami s domácimi a zahraničnými výskumnými a kultúrnymi organizáciami.
IV. Prvá časť vecnej skupiny Vedecká výchova pozostáva z plánov a výkazov o štruktúre vedeckých pracovníkov a ich výchove, prehľadov ašpirantov a ich školiteľov, informácií o zriadení, zložení a činnosti Komisie pre obhajoby kandidátskych dizertačných prác v odbore 75-01-9: pedagogika a napokon analýz a správ o problémoch vedeckej výchovy na pracovisku.
V. Personálne materiály. Skupina je rozdelená na dve podskupiny. Prvá zahŕňa všeobecnú personálnu agendu, najmä plány a rozbory kádrového, personálneho a sociálneho rozvoja ústavu a správy o priebehu pracovno-politického hodnotenia. Druhú časť tvorí 1 inventárna jednotka – abecedne usporiadané osobné spisy zamestnancov ústavu.
VI. Hospodárske materiály. Tvoria ich návrhy rozpočtu a výkazy o jeho čerpaní, rozpisy nákladov na výskumné úlohy, dokumentácia o kontrolách hospodárenia, inventarizácie, informácie o priestorovom vybavení pracoviska a záznamy z prevádzkových porád.
Materiál posledných dvoch vecných skupín je iba zlomkovitý, pretože o personálnu a hospodársku agendu Ústavu experimentálnej pedagogiky SAV sa v celom rozsahu starala Technicko-hospodárska správa Ústavov spoločenských vied SAV.
Fond Ústav experimentálnej pedagogiky SAV obsahuje 112 inventárnych jednotiek a je uložený v 21 archívnych krabiciach.
