Územie Slovenska bolo už v prehistorických dobách križovatkou početných kultúrnych osídlení, čo sa odrazilo aj na tom, že sa tu nachádza veľké množstvo archeologického materiálu. Jeho prvými zberateľmi a registrátormi boli slovenskí vzdelanci (M. Bel, J. Kollár, P. J. Šafárik, F. V. Sasinek, J. L. Holuby, A. Kmeť a ďalší). Ich zbierky sa dostaávali do depozitárov Matice slovenskej, Slovenskej muzeálnej spoločnosti, rôznych múzeí alebo aj ostávali v súkromnom vlastníctve. Pred r. 1918 sa zaujímali o archeologické nálezy na Slovensku aj maďarskí a českí bádatelia ako jednotlivci. Po vzniku I. Československej republiky archeologický výskum nadobúdal stále viac systematický a odborný charakter vďaka usmerňovaniu Československým archeologickým ústavom v Prahe s celoštátnym zameraním. Priekopnícku prácu tu vykonal J. Eisner, zakladateľ modernej slovenskej archeológie. V medzivojnovom období sa archeologický výskum uskutočňoval v Zemedelskom múzeu v Bratislave, Slovenskom národnom múzeu v Turčianskom Svätom Martine a čiastočne aj prostredníctvom USŠ pri Univerzite Komenského.
Zvládnutie početných závažných úloh, ktoré kládlo archeologicky bohaté Slovensko, si vyžiadalo sústredenie archeologického výskumu pod jednu centrálnu organizáciu. 1.III.1939 Ministerstvo školstva a národnej osvety Slovenskej krajiny výnosom č. 1562/1939 zriadilo pri Slovenskom národnom múzeu v Turčianskom Svätom Martine Štátny archeologický ústav. Novozaložený ústav dostal od Slovenského národného múzea k dispozícii pracovňu, laboratórium, knižnicu, administratívne sily a preparátora. Na čele ústavu stál od 12.III.1939 V. Budaváry-Krička, ktorý začal s odbornou katalogizáciou štátnych archeologických zbierok. Ústav, ktorý začal s výskumom na celom území Slovenska sa výnosom Ministerstva školstva a národnej osvety z 8.V.1942 č. 16897/41 o zriadení Štátneho archeologického ústavu v Turčianskom Svätom Martine osamostatnil. Štatút Štátneho archeologického ústavu vypracovaný podľa vzoru Československého archeologického ústavu v Prahe hovoril o samostatnom vedeckom pracovisku, ktorého poslaním boli systematické výskumy v odbore prehistorickej a historickej archeológie na území Slovenskej republiky, resp. v cudzine, ak súvisia s otázkami domáceho bádania. Ústav bezprostredne podliehal Ministerstvu školstva a národnej osvety. Spracované nálezy v zmysle štatútu Štátneho archeologického ústavu rozdeľoval podľa proveniencie jednotlivým múzeám na Slovensku, ktoré si budovali archeologické expozície. Hoci pracovisko bolo personálne i materiálne nedostatočne dotované (personálne obsadenie pozostávalo z 1 odborného pracovníka – riaditeľa a 1 zmluvného zamestnanca nižšej technickej služby) uskutočnilo celý rad dôležitých zaisťovacích i záchranných výskumov. Po r. 1945 sa organizácia archeologického výskumu na Slovensku ďalej odborne skvalitňuje. V r. 1946 bola existencia ústavu z podnetu Povereníctva SNR pre školstvo a kultúru aj právne kodifikovaná.
V júni 1953 Povereníctvo školstva odovzdalo Štátnemu archeologickému ústavu do kompetencie novovzniknutej SAV, kde odvtedy existuje pod názvom Archeologický ústav SAV so sídlom v Nitre. Už pred jeho začlenením do SAV vznikli pobočky v Košiciach a Nitre. Počas nasledujúcich rokov sa ústav prudko rozvíjal. Svedčí o tom aj rad počtu pracovníkov (v r. 1953 56, z toho 8 s vysokoškolským vzdelaním, v r. 1973 119, z toho 40 s vysokoškolským vzdelaním a v r. 1980 154, z toho 56 s vysokoškolským vzdelaním) i finančné zabezpečenie. S rozvojom pracoviska sa mení i jeho organizačná štruktúra a vedecký výskum sa špecializuje.
V r. 1953 sa Archeologický ústav členil na 4 oddelenia: prehistorické, protohistorické, historicko-archeologické a dokumentačné. Po reorganizácii v r. 1962 mal Archeologický ústav SAV 6 oddelení: prehistorické, protohistorické, dokumentačné, technické, expozitúru vedecko-pracovného strediska v Košiciach a hospodársko-administratívne. Začiatkom 80. rokov sa ústav organizačne členil na oddelenie: prvotnopospolnej spoločnosti, oddelenie rozvinutej rodovej spoločnosti, počiatkov metalurgie a remesiel, oddelenie prvotných triednych informácií a antiky, oddelenie slovanských a starších národných dejín, oddelenie stredovekej a priemyselnej archeológie, oddelenie pravekého a včasnodejinného osídlenia východných Slovanov, oddelenie prírodných a technických vied, oddelenie vedecko-technických informácií, oddelenie technického spracúvania a laboratórií.
Poslaním pracoviska je systematický výskum archeologických pamiatok na Slovensku a teoretické zhodnotenie jeho výsledkov. Výsledky bádania ústav uverejňuje v časopise Slovenská archeológia, v monografických prácach, resp. v zborníkoch z medzinárodných sympózií. Archeologický ústav SAV je aj sídlom sekretariátu Medzinárodnej únie slovanskej archeológie.
Fond Archeologického ústavu uložený v Ústrednom archíve SAV a sprístupnený formou inventára odráža činnosť pracoviska za obdobie r. 1933–1981. Je rozdelený do 2 základných skupín: A – knihy a B – spisy.
Skupina A pozostáva z 2 častí. A 1 tvoria administratívne knihy (podacie protokoly, resp. indexy k nim) a A 2 účtovné knihy. Inventárnou jednotkou je jeden rok.
Spisy označené B sú rozdelené do 21 vecných skupín. Inventárnu jednotku tvorí tiež jeden rok príslušnej skupiny.
B I – Sekcie spoločenských vied (1953–1961); Vedecké kolégium histórie SAV (1962–1974); Vedecké kolégium pre vedy o spoločnosti SAV (1975–1980), i.č. 60–90: Skupinu tvoria zápisy z plenárnych zasadaní sekcie, z uznesení predsedníctva sekcie, z uznesení aktívu riaditeľov pracovísk sekcie, vyjadrenia sekcie k študijným cestám do zahraničia, návrh sekcie na organizáciu záchrany archeologických pamiatok na stavbách socializmu. Materiál vedeckých kolégií pozostáva zo zápisníc zo zasadaní vedeckých kolégií a edičných plánov vedeckých kolégií.
B II – Vedenie ústavu (1934–1981), i.č. 91–132: Obsahuje štatút a smernice pre odbornú činnosť Štátneho archeologického ústavu a výnos Ministerstva školstva a národnej osvety o jeho zriadení, návrh osnovy zákona o Štátnom archeologickom ústave a o archeologických pamiatkach, údaje Povereníctva školstva a osvety o dotáciách pre ústav, zápisnice z gremiálnych porád Štátneho archeologického ústavu, reorganizáciu Výskumnej expedície Archeologického ústavu SAV na Výskumné pracovné stredisko Archeologického ústavu SAV, zápisnice z vedeckej rady i ústavnej rady, zo schôdzí oddelení, správy o činnosti jednotlivých komisií pri Archeologickom ústave SAV, menovanie členov vedenia ústavu, spisový a pracovný poriadok ústavu, správy o priebehu komplexného pracovno-politického hodnotenia nomenklatúrnych kádrov.
B III – Plány vedeckovýskumných úloh (1940–1981), i.č. 133–171: Sú to pracovné plány na jednotlivé roky, plány vedecko-výskumných úloh na päťročnicu, výhľadové plány a spresnenia úloh štátneho programu základného výskumu.
B IV – Výročné správy (1943–1980), i.č. 172–197: Skupina sa skladá zo správ o činnosti pracoviska za jednotlivé roky a záverečných správ o splnených úlohách štátneho plánu základého výskumu.
B V – Vedecká činnosť (1933–1981), i.č. 198–240: Vecná skupina pozostáva zo správ o archeologických výskumoch na jednotlivých objektoch, o terénnych prácach a nálezoch, o stave zbierok evakuovaných v r. 1938 do Slovenského národného múzea, o usporiadaní zbierok archeologických expozícií v jednotlivých múzeách na Slovensku a z pripomienok Štátneho archeologického ústavu ku kultúrnej dohode s Maďarskom. Ďalej sú tu poverenia oblastných tajomníkov Štátneho archeologického ústavu vedením záchranných výskumov a správy o nich, pracovné denníky z výskumov, posudky a pripomienky odborných prác, oponentské posudky čiastkových úloh štátneho programu základného výskumu, stanoviská Archeologického ústavu SAV k archeologickým výskumom vykonávaným mimoústavne a materiály k výstave Veľká Morava.
B VI – Spolupráca s ČSAV (1953–1981), i.č. 241–267: Obsahuje návrhy na spoluprácu na konkrétnych výskumoch a konferenciách, zápisy z komisionálnych obhliadok výskumov, pripomienky Archeologického ústavu SAV k rozprave o historickej archeológii Archeologického ústavu ČSAV, návrh Archeologického ústavu ČSAV na spoluprácu na Sloveník u československého výtvarného umenia, zápisnice z vedeckého zhodnotenia významu Veľkej Moravy, zápisnice zo zasadaní Vedeckého kolégia histórie ČSAV a Archeologickej oborovej komisie Archeologického ústavu ČSAV a spoluprácu v edičnej oblasti.
B VII – Spolupráca s inštitúciami (1939–1981), i.č. 268–308: Skupina dokumentuje najmä spoluprácu s múzeami, vysokými školami, národnými výbormi, súkromnými osobami – amatérskymi archeológmi a s tajomníkmi Štátneho archeologického ústavu pre jednotlivé okresy.
B VIII – Konferencie (1948–1979), i.č. 309–333: Sú to organizačné materiály z príprav konferencií, sympózií a zjazdov, ich programy, referáty a zoznamy účastníkov.
B IX – Zahraničná spolupráca (1956–1980), i.č. 334–358: Obsahuje návrhy na spoluprácu so zahraničnými vedeckými inštitúciami, jej plánovanie a správy o priebehu návštev, témy vedeckej spolupráce s jednotlivými krajinami, členstvá v medzinárodných organizáciách.
B X – Personálna agenda (1939–1981), i.č. 359–397: Tvoria ju žiadosti o prijatie do zamestnania, o rozviazanie pracovného pomeru, posudky pracovníkov, preradenia, výsledky previerok, zoznamy pracovníkov podľa kategórií, úradné záznamy o porušovaní pracovnej disciplíny, návrhy na úpravu platov a abecedne zoradené spisy pracovníkov ústavu.
B XI – Vedecká výchova (1956–1980), i.č. 398–416: Skladá sa z plánov prípravy vedeckých kádrov na jednotlivé roky, téz a posudkov kandidátskych prác a menovaní školiteľov.
B XII – Ceny a odmeny (1949–1981), i.č. 417–429: Skupina pozostáva z návrhov na odmeny za ukončené výskumné úlohy, z návrhov na udelenie Ceny SAV, Ceny mesta Bratislava, Ceny mesta Nitra, Radu práce a striebornej plakety SAV.
B XIII – Vedecké spoločnosti pri SAV (1949–1976), i.č. 430–443: Materiál dokumentuje priebeh schôdzí spoločností, prípravy zjazdov, správy o činnosti a plány. Týka sa Muzeálnej slovenskej spoločnosti, Slovenskej speleologickej spoločnosti, Spoločnosti československých prehistorikov, Československej spoločnosti pre šírenie politických a vedeckých poznatkov, Slovenskej archeologickej spoločnosti, Slovenskej historickej spoločnosti a Slovenskej numizmatickej spoločnosti.
B XIV – Komisie (1948–1980), i.č. 444–459: Skupina pozostáva z návrhov na zriadenie odborných komisií, menovaní členov a zápisníc zo zasadaní komisií.
B XV – Hospodárske veci (1940–1981), i.č. 460–501: V počiatočnom období sú to dotácie pracoviska a ich vyúčtovanie, neskôr rozpočet a jeho čerpanie, priestorové požiadavky pracoviska a ich riešenie, plány pracovných síl, plány hmotného zásobovania, systemizačný rozvrh pracoviska, rozpis mzdových fondov, komplexný rozbor hospodárskej činnosti ústavu za jednotlivé roky, prehľad o funkčnom a platovom zaradení pracovníkov a inventarizácia hospodárskych prostriedkov.
B XVI – Knižnica (1949–1973), i.č. 502–542: Sú tu žiadosti Štátneho archeologického ústavu o povolenie vydávať časopis Praveké Slovensko aj s vyjadrením Povereníctva školstva, vied a umení a časopis Pamiatky archeologické, ale najmä rukopisy príspevkov do Slovenskej archeológie a Študijných zvestí.
B XVIII – Vydavateľstvo SAV (1955–1973), i.č. 543–552: Pozostáva z edičných plánov a pripomienok ústavu k nim, oznámení o schválení námetov a zo zápisov zo zasadaní redakčno-vydavateľskej rady.
B XIX – Filozoficko-metodologické semináre (1960–1973), i.č. 553–559: Skupina sa skladá z tematických plánov Filozoficko-metodologických seminárov, správ a vyhodnotení ich priebehu na ústave.
B XX – Spoločenské organizácie (1952–1981), i.č. 560–580: Sú to materiály k činnosti ZV ROH a jeho komisií, z činnosti ZO KSS, útvaru Civilnej obrany a súťažného hnutia na ústave.
B XXI – Rukopisy, i.č. 581: Skupina je usporiadaná abecedne podľa autorov a tvorí jednu inventárnu jednotku.
Celkové množstvo písomného materiálu fondu Archeologický ústav SAV obsahuje 581 inventárnych jednotiek uložených v 151 archívnych krabiciach. Fond Archeologický ústav SAV oboznamuje s priebehom a výsledkami archeologických výskumov, prispieva k poznaniu problematiky najstarších kultúr a postavenia Slovenska v rozvoji civilizácií strednej a juhovýchodnej Európy. Písomný materiál odráža vývoj, organizáciu a postavenie slovenskej archeológie, ako aj popredné miesto, ktoré zaujíma v rámci Medzinárodnej únie slovanskej archeológie. Jeho potencionálnymi užívateľmi môžu byť nielen záujemci z vlastného odboru – archeológie, ale aj bádatelia študujúci organizáciu vedeckej práce na Slovensku vo všeobecnosti.
