Botanický ústav SAV vznikol 1.I.1963 vyčlenením oddelenia fyziológie rastlín a oddelenia geobotaniky a systematiky rastlín z Biologického ústavu SAV. V roku 1975 však prestal existovať ako samostatný ústav a bol včlenený do Ústavu experimentálnej biológie a ekológie SAV (ÚEBE SAV). Tento stav trval až do r. 1990. Samostatnosť ústavu bola obnovená až v r. 1990. Uznesením Predsedníctva SAV č. 36 z 22.III.1990 bol s účinnosťou od 1.VII.1990 Ústav experimentálnej biológie a ekológie zrušený a nahradili ho tri samostatné ústavy: Botanický ústav SAV, Ústav zoológie a ekosozológie SAV a Ústav ekobiológie SAV.
Botanický ústav SAV je centrom základného botanického výskumu genofondu nižších a vyšších rastlín na Slovensku a významným, ba vo viacerých prípadoch priekopníckym experimentálnym pracoviskom pre disciplíny ako embryológia, fyziológia, patofyziológia, anatómia, cytológia, fytocenológia, algológia a lichenológia.[1])
V roku 1990 sa na Botanickom ústave SAV vytvorilo šesť oddelení: 1. oddelenie fyziológie rastlín – dlhodobo skúma vplyv biotických a abiotických faktorov (napr. sucho, chlad, fytotoxicita hliníka) na štruktúru a funkciu rastlinnej bunky, pletiva a orgánu; 2. oddelenie geobotaniky – venuje sa základnému výskumu vegetačného krytu Slovenska; 3. oddelenie taxonómie vyšších rastlín – zameriava sa na základný taxonomicko-chronologický výskum rastlinných populácií prednostne na území Slovenska a v rámci medzinárodnej spolupráce aj v širšom európskom regióne resp. vo svete; 4. oddelenie nižších rastlín – skúma diverzitu, variabilitu a rozšírenie rias, cyanobaktériíí, lišajníkov, húb a machorastov v karpatsko-panónskej oblasti; 5. oddelenie štruktúry rastlín – venovalo sa experimentálnemu výskumu v oblasti anatómie, cytológie a embryológie; 6. oddelenie patofyziológie a mykológie – skúmalo vzťah hostiteľská rastlina – patogén.
Oddelenie štruktúry rastlín a oddelenie patofyziológie a mykológie zanikli v r. 1993. K ďalšej reorganizácii prišlo v roku 1994. Oddelenie taxonómie vyšších rastlín sa premenovalo na oddelenie systematiky rastlín a začlenilo sa doň oddelenie nižších rastlín. Do roku 2000 tak mal Botanický ústav tri oddelenia. V roku 2000 sa vďaka personálnemu posilneniu opäť osamostatnilo oddelenie systematiky nižších rastlín.
Botanický ústav sa vo svojej činnosti dlhodobo zameriava na riešenie celonárodných programov, ktoré vytvárajú základnú poznatkovú bázu o flóre a vegetácii nášho územia. Jedným z najvýznamnejších výsledkov práce trvajúcej desaťročia je projekt niekoľkozväzkovej Flóry Slovenska, ktorá systematicky eviduje všetky rastlinné druhy vyskytujúce sa na našom území. Hlavným predpokladom úspešnej ochrany rastlín je ich evidencia. Pre zmapovanie ohrozených druhov rastlín malo veľký význam vypracovanie Červenej knihy ohrozených a vzácnych druhov rastlín a živočíchov SR a ČR – Vyššie rastliny v r. 1999, ktorá bude pravdepodobne dlho neprekonaná v úrovni rozsahu spracovania informácií o stave ohrozenosti a vzácnosti vyšších rastlín na území Slovenska a Čiech. Ďalší z rozsiahlych projektov ústavu, Geobotanická mapa Slovenska, je medzinárodnou vedeckou obcou považovaná za jednu z najlepších vegetačných máp svojho druhu v Európe. Projekt Rastlinné spoločenstvá Slovenska, ktorý trvá od r. 1991, synteticky spracováva rastlinstvo Slovenska podľa jednotlivých tried a tvorí súčasť prípravy celoeurópskej databázy vegetácie. Poskytuje komplexné informácie o vegetácii na skalách, sutinách, pieskoch a vo vodách. Významné výsledky dosiahol ústav vo výskume koreňových systémov rastlín a na poli regionálneho výskumu. Výsledky výskumu priniesli Botanickému ústavu SAV uznanie zahraničných vedeckých inštitúcií. Ústav je zapojený do viacerých významných medzinárodných botanických projektov nielen ako riešiteľ, ale aj slovenský koordinátor (projekty COST, Euro+Med PlantBase, štúdium európskej a svetovej biodiverzity atď.).
Rozsiahla je publikačná činnosť pracovníkov ústavu. Výsledky štúdia flóry Slovenska boli publikované vo viacerých syntetických dielach (Flóra Slovenska, Zoznam nižších a vyšších rastlín Slovenska, Červená kniha). Ústav je spolumajiteľom časopisu Biológia – série Botanika, a zabezpečuje redakciu dvoch ďalších časopisov – časopisu Mycotaxon a Bulletinu Slovenskej botanickej spoločnosti. Početné sú publikácie ústavu v medzinárodných karentovaných časopisoch. Ústav pravidelne organizuje vedecké podujatia s medzinárodnou účasťou.
Botanický ústav SAV sa výraznou mierou podieľa na zabezpečení vedeckej výchovy v oblasti botaniky. Je externým školiacim pracoviskom pre tri vedné odbory: botanika, fyziológia rastlín a ako jediné na Slovensku pre vedný odbor mykológia. Pracovníci ústavu pravidelne prednášajú na vysokých školách, vedú diplomové a doktorandské práce.
Pre vedecké a pedagogické účely buduje Botanický ústav SAV dlhodobo rozsiahlu herbárovú zbierku rastlín ako podklad taxonomického a chronologického výskumu rastlinných druhov karpatsko-panónskej oblasti. Zbierka je tretia najrozsiahlejšia na Slovensku, je súčasťou národného kultúrneho dedičstva a je evidovaná v medzinárodnom Indexe Herbariorum. Zbierkový fond zahŕňa zbierku siníc a rias (jediná na Slovensku), húb, lišajníkov, machorastov a zbierku vyšších rastlín. Ústav tiež buduje viaceré informačné a bibliografické botanické databázy.
V r. 2009 sa Botanický ústav SAV presťahoval do nových priestorov. Nová budova ústavu technickou vybavenosťou spĺňa aktuálne nároky na uchovávanie herbárov a vedeckú prácu. Ústav má vlastnú knižnicu, ktorá disponuje rozsiahlou zbierkou odbornej botanickej literatúry. Bežný chod ústavu zabezpečuje ekonomicko-technické oddelenie (predtým oddelenie technicko-hospodárskej správy).
Ústredný archív SAV prevzal fond Botanického ústavu SAV v r. 2011. Archívne dokumenty pochádzajú z rokov 1990–2009. Tento časový rozsah však materiál prekračuje v prípade archívnych dokumentov spojených so služobnými cestami pracovníkov Botanického ústavu, ktoré ústav archívu odovzdal aj za ročník 2009. Fond bol rozdelený do ôsmych vecných skupín:
I. Vedenie ústavu: Vecná skupina je delená na dve podskupiny. Prvú podskupinu tvoria podacie denníky. Druhá podskupina obsahuje prevažne zápisnice zo zasadania vedenia ústavu, vedeckej rady, ústavnej rady, zápisnice z pracovných porád jednotlivých oddelení, a v menšej miere aj iné archívne dokumenty dokladajúce organizáciu pracoviska.
II. Personálna agenda: Je rozdelená na štyri podskupiny. Prvú podskupinu tvorí všeobecná personálna agenda. Značnú časť materiálu tvoria prehľady o personálnych zmenách na ústave, ktoré vypracovávalo osobné oddelenie pre riaditeľa ústavu pravdepodobne ako podklady k zasadnutiam vedenia ústavu. Do všeobecnej personálnej agendy boli zaradené aj zápisnice Atestačnej komisie Botanického ústavu SAV. Druhú podskupinu tvoria návrhy na udelenie cien a vyznamenaní SAV. Treťou podskupinou sú osobné spisy zamestnancov ústavu. Pre malý rozsah osobných spisov (spravidla niekoľko jednotlivín) tvorí celá podskupina spoločnú inventárnu jednotku. Do poslednej podskupiny boli zaradené archívne dokumenty z činnosti závodného výboru odborového združenia, prevažne zápisnice zo zasadnutia.
III. Vedeckovýskumná činnosť: a) podskupina „akreditácie“ obsahuje dve inventárne jednotky, v ktorých sa nachádzajú iba doplňujúce podklady k akreditácií, chýba dotazník o akreditácii. b) podskupina „projekty a granty“ je najobsiahlejšia, obsahuje písomnosti k vedeckým projektom, ktorých riešiteľom príp. koordinátorom bol Botanický ústav SAV. Granty sú radené chronologicky a následne delené na granty VEGA, APVV (neskôr APVT) a ostatné projekty. Inventárnu jednotku tvorí grantový spis. Do skupiny nie sú zahrnuté projekty, ktoré koordinovali iné inštitúcie a Botanický ústav SAV bol spoluriešiteľom. Tie sa nachádzajú vo vecných skupinách domáca resp. zahraničná spolupráca. c) archívne dokumenty súvisiace s budovaním herbára tvoria vzhľadom na význam zbierky samostatnú podskupinu. Inventárnou jednotkou je jeden ročník písomností. d) samostatnú podskupinu tvoria odborné podujatia, hoci vo fonde sa zachovali iba dokumenty okrajovo súvisiace s organizáciou odborných podujatí; inventárnou jednotkou je ročník písomností.
IV. Vedecká výchova: Archívne dokumenty v podskupine sú členené na všeobecnú agendu (zoznamy doktorandov, zápisnice z prijímacích skúšok, zloženie odborových komisií a pod.) a osobné spisy vychovávaných. Súčasťou osobnému spisu je aj kandidátska či doktorská dizertácia, ak sa vo fonde zachovala. Všetky osobné spisy tvoria spoločnú inventárnu jednotku.
V. Spolupráca domáca: Vecná skupina zahŕňa písomnosti dokladajúce spoluprácu ústavu s vysokými školami (účasť na pedagogickom procese a spoluprácu na projektoch), ministerstvami a vládnymi organizáciami, štátnymi úradmi, inými vedeckými inštitúciami SAV alebo v rezortnej sfére a súkromným sektorom. Dokumenty sú radené chronologicky, inventárnu jednotku tvorí jeden ročník, prípadne jeden grantový spis.
VI. Zahraničná spolupráca – je delená na tri podskupiny: a) dohody, projekty – prvú inventárnu jednotku v podskupine tvoria súhrnné zoznamy a prehľady o medzinárodných projektoch za celé obdobie; ďalšie inventárne jednotky tvoria dohody o spolupráci resp. projekty usporiadané podľa krajín či názvu projektu v prípade multilaterálnych projektov. b) prijatia – podskupina obsahuje archívne dokumenty súvisiace s prijímaním zahraničných vedcov na Botanickom ústave a je radená chronologicky. c) pracovné cesty – v podskupine sú zaradené zoznamy schválených služobných ciest pracovníkov ústavu do zahraničia a správy zo služobných ciest. V období 2006–2009 sa zachovali aj návrhy na vyslanie pracovníkov do zahraničia (z toho v rokoch 2006–2007 dôsledne ku každej pracovnej ceste). Inventárnou jednotkou vo vecnej skupine je jeden ročník písomností. V zátvorke je uvedený počet správ o pracovných cestách do jednotlivých štátov.
VII. Edičná činnosť: Vecná skupina obsahuje v prevažnej miere archívne dokumenty dokladajúce vydávanie časopisu Biológia – série A Botanika, v malej miere archívne dokumenty k iným publikáciám ústavu.
VIII. Ekonomická a technická agenda: Prvú podskupinu tvoria archívne dokumenty dokladajúce vývoj priestorového a hmotného vybavenia pracoviska. Druhú podskupinu „rozpočet a financie“ tvoria rozpisy rozpočtu, rozbory hospodárenia, žiadosti o navýšenie rozpočtu a tiež zápis z daňovej kontroly. Vzhľadom na skutočnosť, že do archívu neboli dôsledne odovzdané rozbory hospodárenia a čerpania rozpočtu za všetky ročníky, rozhodli sme sa ponechať vo fonde v osobitnej podskupine hlavné knihy účtovných zostáv, ako prameň k sledovaniu hospodárenia ústavu.
Fond Botanického ústavu SAV obsahuje 328 inventárnych jednotiek v 28 škatuliach. Umožňuje sledovať vedeckú a odbornú činnosť ústavu a jej organizáciu, personálne pomery a vedecké úspechy pracoviska v prvých takmer dvadsiatich rokoch od opätovného osamostatnenia sa.
APVV – Agentúra pre vedu a výskum
APVT – Agentúra pre vedu a techniku
BÚ – Botanický ústav SAV
SOK – Spoločná odborová komisia
MVTS – medzinárodná vedecko-technická spolupráca
P SAV – Predsedníctvo SAV
RK – riešiteľský kolektív
UK – Univerzita Komenského
VEGA – Vedecká grantová agentúra
ZV OZ – Závodný výbor odborového združenia
